深圳水陆空铁口岸俱全，是中国拥有口岸数量最多、出入境人员最多、车流量最大的口岸城市。
深圳260千米的海岸线和与香港接壤的27.5千米的陆地上，深圳已拥有经国务院批准对外开放的一类口岸15个。其中：陆路口岸6个，分别是罗湖、文锦渡、皇岗、沙头角、深圳湾、福田口岸；海港口岸8个，分别是盐田港、大亚湾、梅沙、蛇口、赤湾、妈湾、东角头、大铲湾口岸；空港口岸1个为深圳宝安国际机场。
罗湖口岸是我国目前客流量最大的旅客入出境陆路口岸之一；皇岗口岸是目前我国货车入出境数量最多的客货综合性公路口岸，也是我国率先实行24小时通关的口岸；深圳湾口岸是我国第一个按照“一地两检”查验模式运作的客货综合性公路口岸；文锦渡口岸是我国最早对外开放的口岸之一；福田口岸是我国首个内地与香港无缝接驳的地铁口岸；盐田港口岸是我国四大国际中转深水港之一；蛇口港口岸是第一个由企业自筹资金建设、管理和经营的海港口岸；赤湾口岸是第一个中外合资港口企业建设和经营的海港口岸；深圳宝安国际机场是我国第一家以地方投资为主兴建的机场，是我国四大航空港之一。
深圳口岸
深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，拥有经国务院批准对外开放的一类口岸15个，其中包括中国客流量最大的旅客出入境陆路口岸——罗湖口岸，24小时通关的皇岗口岸，以及我国首个内地与香港无缝接驳的地铁口岸——福田口岸，唯一“一地两检”的陆路口岸——深圳湾口岸。2015年经深圳口岸出入境人员2.39亿人次，日均65.4万人次；出入境车辆1550万辆次，日均4.25万辆次。
深圳海关
深圳海关直属中华人民共和国海关总署领导，业务管辖区域包括深圳市及惠州市。深圳海关是全国任务最繁重的海关之一,为企业提供“24小时预约通关”等个性化服务。
港口航运
深圳港拥有各类泊位159个，集装箱专用泊位42个，国际集装箱班轮航线255条，外贸驳船航线46条，海铁联运班列16条，国际友好港19个。2015年，集装箱吞吐量2421万标准箱，同比增长1%，连续三年位居全球第三。
民用航空
深圳机场共有客运航空公司42家（深航、南航深圳分公司、海航深圳分公司、东海等基地航空公司4家），全货机公司11家，开通客运航线157条，货运航线36条，通航国家和地区14个、城市123个。2015年，深圳机场实现24小时通关，机场旅客吞吐量达3972万人次，货邮吞吐量突破100万吨，综合排名位居全国第四。
铁路运输
深圳是华南地区重要的铁路枢纽。厦深铁路和广深港客运专线是国家《中长期铁路网规划》“四纵四横”快速铁路通道中杭福深客运专线和京港客运专线的重要组成部分。厦深铁路已于2013年底建成通车，广深港客运专线（深圳北站以北段）已于2011年开通运营；深圳北站、深圳东站、坪山站、福田站枢纽已建成并投入使用，深圳已成为华南至全国重要的铁路客运枢纽。
公路运输
深圳公路交通发达，可通过高等级公路网方便地到达珠三角各城市。截至2015年底，我市共有道路客运企业88家，班车企业35家，包车企业73家，20家企业兼营班车和包车。深圳始发的长途客运班线覆盖省内各市县，辐射20多个省、市及香港、澳门特别行政区。随着珠三角区域交通一体化和高速公路联网的实现，深圳作为国家级交通枢纽城市的地位将进一步巩固。
地铁交通
截止2016年7月，我市地铁线网共有6条线路，长229公里，运营车辆超200列，在建线路总长近200公里。2015年全年累计运输乘客11.2亿人次，日均客流量为307.4万人次，较2015年同期增长8.2%，单日最高客运量突破347万人次。轨道交通客运量占公交客运量比重已上升至31.3%。
城市公交
截止2015年底，公共交通日均客运量达1000万人次（包括常规公交、地铁、出租车），公共交通占机动化出行分担率达56.1%，公交站点500米覆盖率达94.96%。全市共拥有公交车辆15120辆，常规公交营运线路条数903条，运营里程约9.65亿公里。公交行业累计推广应用各类新能源汽车9085辆，其中新能源公交车6650辆、纯电动出租车2435辆。